首先，第一工业废水处理技术特别复杂。处理工艺的选择需要考虑多个方面，包括污染企业的生产工艺。工业废水处理工艺复杂，一些企业投资不足，无法妥善处理；一些企业已经投入了足够的资金，但由于后期管理不善，水量达不到标准，无法达到预期效果。
第二，工业废水处理技术水平有限。从目前掌握的技术水平来看，我国许多工业废水处理理论上无法达到标准。也许它可以在检查期间处理，但它无法实现真正的长期稳定运行。

第三，中国的经济还不太发达，不仅废水难以处理，而且对经济贡献巨大的高产量污染企业也将继续存在。就制药行业而言，中国许多制药厂都是初级制药公司，有大量的污染生产。

第四，工业园区污水处理问题。工业园区的初衷是集中处理工业废水，但在现实中，它产生了新的问题。工业废水集中在一起后，在末端建造一个公共的集中污水处理厂，每个工厂的废水需要经过一定程度的处理才能进入污水处理厂。
第五，“负面影响”问题。一些污染企业不想在废水处理上投入太多资金，逐利企业仍有这种观念。他们认为，工业废水的处理除了满足环保部门的检查以避免处罚外，没有任何好处，反而增加了成本。

第六，市场混乱问题。承担工业废水处理项目的污染治理企业“环保公司”可谓鱼龙混杂。因此，行业内形成了恶性竞争，导致一些曾经致力于工业废水领域的公司在面临机遇时转型。

第七，规模效应问题。许多工业废水处理项目订单不足，与城市污水处理相比，难以形成规模效应和产生大型企业。尽管在这一领域有优秀的环保公司，但很难像市政污水处理企业那样实现数百万甚至数千万吨的日处理规模。
第八，商业模式问题。每个环保公司都有独特的生存方式，但主要模式仍然是“设计、采购、施工”，其他普遍适用的商业模式仍在探索中。
第九，零排放误解。多年来，中国一直在实施工业废水零排放处理，但在现实中，无法实现真正的零排放，目前中国也没有完美的零排放案例。对零排放的误解导致许多企业在这个问题上盲目依赖设备和技术。
第十个问题是排放标准执行困难和监管松懈。缺乏严格监管“一刀切”、脱离实际是一些行业难以执行排放标准的主要原因，工业废水处理行业也面临类似问题。